根据《国务院188体育印发环境保护部主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（国办发[2008]73号），制定《环境保护部机关“三定”实施方案》如下。
　　
　　一、职责调整
　　
　　（一）加强的职责
　　
　　1、加强环境保护综合协调、参与宏观决策职责。
　　
　　2、加强环境功能区划和生态功能区划的组织编制职责。
　　
　　3、加强环境法律、法规及经济政策的组织制定职责。
　　
　　4、注重从源头预防污染，加强规划环评职责。
　　
　　5、加强环境标准的组织制定职责。
　　
　　6、加强分析环境形势和参与分析宏观经济形势职责。
　　
　　7、加强污染防治、污染物减排管理和考核职责。
　　
　　8、加强对环境质量的监测、评估与考核职责。
　　
　　9、加强民用核设施与核技术利用项目的安全监管职责。
　　
　　10、加强环境监察执法职责。
　　
　　11、加强农村环境保护职责。
　　
　　12、加强环境宣传教育职责。
　　
　　13、加强环境信息平台建设的组织管理职责。
　　
　　（二）取消的职责
　　
　　1、取消全国环境管理体系认证的管理职责。
　　
　　2、取消国家环境友好企业、国家环境友好工程等与企业相关的评比创建活动。
　　
　　（三）下放的职责
　　
　　1、将水污染物排放许可证审批和发放职责交给地方环境保护行政主管部门。
　　
　　2、修订完善建设项目环境影响评价文件分级审批规定，调整建设项目环境影响评价文件审批权限。
　　
　　3、将国家重要饮用水水源地、重点区域、流域、海域、危险废物和土壤等有关污染防治专项规划编制中的技术工作，以及水、大气、噪声、海洋等专项环境功能区划编制中的技术工作委托给有关直属单位。
　　
　　4、将部机关公务接待服务及基本建设、政府采购（招投标）等方面的具体工作委托给机关服务中心按规定执行。
　　
　　5、将信息化基础设施建设、基础数据库建设、环境信息化技术标准与规范以及信息技术服务等工作委托给有关直属单位。
　　
　　6、将人才培训、专业技术资格评审、职业技能鉴定等方面的日常组织和技术服务工作委托给有关直属单位。
　　
　　7、将环境标志认证职责交给有关直属单位。
　　
　　8、将总量控制计划及指标拟订、减排数据汇总分析、环境容量测算等技术性、事务性工作，以及排污许可证和排污权交易制度拟定中的技术工作委托给有关直属单位。
　　
　　9、将环境统计的汇总分析，以及环境统计年报、统计报告的起草工作委托给环境监测总站。
　　
　　10、将国控污染源日常监督、国家审批建设项目的“三同时”现场监督检查、主要污染物减排核查的技术性工作委托给环境保护督查中心。
　　
　　11、将核安全设备设计、制造、安装和无损检验活动监督管理的技术支持和日常具体工作委托给有关派出机构、直属单位。
　　
　　二、主要职责与机构设置
　　
　　（一）办公厅。
　　
　　1、主要职责
　　
　　负责部机关政务综合协调和监督检查。协助部领导组织协调部机关日常工作，协调部领导公务活动。协调总工程师、核安全总工程师公务活动。拟定部机关工作制度并监督执行。负责部机关值班和部领导秘书工作。负责部机关文电、档案、密码、印章、机要、保密、安全、保卫、消防和电子政务、政务公开、信息安全工作，并指导派出机构、直属单位和地方环境保护行政主管部门相关工作。负责党中央、国务院和部组织召开的综合性环境保护会议的组织协调和有部领导出席的全国环境保护专业性会议的方案审核与指导。起草全国环境保护综合性会议文件和其他重要文件、报告、讲话。审核以部名义对外发布的公报及重要文献。组织开展和协调综合性调研及重大专题调研。组织编报政务信息专报。组织开展重要环保政务督查，承办中办、国办及中央有关部门的联合督查工作。负责部机关信访工作，组织办理群众来信、来访和人大建议、政协提案，并指导环境保护系统信访工作。归口管理环境信息和信息化工作，参与建设并组织管理全国环境信息网。组织公务接待工作。
　　
　　2、内设机构
　　
　　根据上述职责，设8个内设机构。
　　
　　（1）总值班室（保卫处）
　　
　　承担部机关值班、印章刻制管理以及安全、保卫、消防和来访公务接洽工作；编报部值班信息；指导在京派出机构、直属单位安全保卫工作；管理部机关工作证件和车证；联系部机关后勤工作。
　　
　　（2）部长办公室（简称部长办）
　　
　　承担部领导秘书工作；协调部领导公务活动；协调总工程师、核安全总工程师公务活动；承担部机关工作制度建设工作；组织协调与管理全国性重大会议、活动；承担部长专题会议的组织协调和纪要的起草；督查部领导指示精神落实情况；编发部昨日情况。
　　
　　（3）综合处
　　
　　承担厅内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；联系机关各部门综合处或办公室；承担部务会议、部常务会议的组织协调和纪要的起草。
　　
　　（4）文秘档案处（保密处）（简称文档处）
　　
　　承担部机关文电、档案、密码、印章使用、机要、保密等管理工作；指导和管理部机关公文运转工作；指导派出机构和直属单位公文、保密工作；指导环境保护系统档案工作。
　　
　　（5）信息化办公室（简称信息办）
　　
　　拟订和组织实施信息化规划、计划；承担部机关电子政务、信息安全和信息化管理工作；参与建设并组织管理全国环境信息网；指导环境保护系统电子政务、政务公开、信息化和电子公文远程传输使用工作。
　　
　　（6）研究室
　　
　　起草全国综合性会议文件和其他重要文件、报告、讲话；起草部工作计划和总结；审核重要文件和讲话材料；组织开展重大专题性调研；编报政务信息专报，指导环境保护系统政务信息工作。
　　
　　（7）政务督查室（简称督查室）
　　
　　承担部机关政务督查工作；督促检查部系统贯彻落实党中央、国务院188体育环境保护重大部署及部重点工作的情况；协调组织开展环保政务督查活动；组织并督查人大建议、政协提案的办理工作。
　　
　　（8）信访办公室（简称信访办）
　　
　　拟订信访规章制度并监督执行；承担部机关信访工作；办理群众来信、来访工作；分办、督办信访事项；承担信访统计、分析工作，编写月报；指导环境保护系统信访工作。
　　
　　（二）规划财务司（简称规财司）。
　　
　　1、职责划转
　　
　　（1）将有关总量控制、环境统计职责划出，交给污染物排放总量控制司。
　　
　　（2）将组织编制和发布中国环境状况公报职责划出，交给环境监测司。
　　
　　2、主要职责
　　
　　负责环境保护方面的区划、规划编制和基础能力建设。拟定环境功能区划和环境保护规划、投资、经费预决算、财务、国有资产管理、内部审计等方面的部门规章、制度，并监督执行。参与制定国民经济与社会发展规划和主体功能区规划。组织编制综合性环境功能区划和环境保护规划，审核专项环境功能区划和环境保护规划。组织实施环境保护目标责任制。组织审核城市总体规划和其他部门规划中的环境保护内容。负责提出环境保护领域固定资产投资规模和方向、国家财政性资金安排的意见，审批、申报国家规划内和年度计划规模内固定资产投资项目，并配合有关部门做好组织实施和监督工作。负责国家重大环境保护项目、能力建设项目、基本建设项目等的组织实施和监督管理工作。审核派出机构、直属单位固定资产投资项目。组织实施国家环境监测网和全国环境信息网能力建设。组织协调相关固定资产投资项目竣工验收。管理并监督基本建设、政府采购（招投标）工作。管理环保项目进出口减免税工作。组织编报、审核汇总、批复预决算。负责国库集中支付、国有资产、住房制度改革等管理工作。承担部机关财务管理、各项经费会计核算和资产管理工作。审核报批环境保护系统收费项目和标准。负责归口联系西部开发、中部地区崛起、振兴东北老工业基地、扶贫、治乱减负等工作。负责环境保护经济体制改革工作。组织参与宏观经济形势分析工作。组织编制利用外资计划。负责绩效考评和内部审计工作。
　　
　　3、内设机构
　　
　　根据上述职责，设6个内设机构。
　　
　　（1）综合处
　　
　　承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；审核报批环境保护系统各类收费项目并监督执行；组织编制环境保护系统利用外资计划；联系西部开发等专项相关工作；承担环境保护经济体制改革工作；组织参与宏观经济形势分析工作。
　　
　　（2）规划区划处（简称规划处）
　　
　　参与制定国家主体功能区规划；拟订环境功能区划、环境保护规划方面的规章、制度，并监督执行；组织编制、评估、考核综合性环境功能区划和环境保护规划；审核专项环境功能区划和环境保护规划；组织实施环境保护目标责任制。
　　
　　（3）预算处
　　
　　拟订预决算管理、经费管理等规章制度并监督执行；组织编报、审核汇总、批复预决算；承担各项经费使用的监督管理和绩效考评工作；协调中央财政专项资金的申报审批工作；承担国库集中支付、银行账户、非税收入等管理工作。
　　
　　（4）投资处
　　
　　提出和协调环境保护领域国家投资方向、规模和渠道；审批和申报国家规划内相关项目及年度投资计划；组织实施和监督管理国家重大环境保护项目、能力建设项目和基本建设项目；管理并监督政府采购工作。
　　
　　（5）财务处
　　
　　拟订部机关财务、资金管理内部控制、国有资产管理等规章、制度，并监督执行；承担部机关财务、资产管理和各项经费的会计核算工作；承担部机关、派出机构、直属单位国有资产管理工作；承担住房制度改革工作。
　　
　　（6）内部审计办公室（简称内审室）
　　
　　拟订内部审计的规章、制度，并监督执行；联系审计署开展审计工作；承担部机关及派出机构、直属单位内部审计工作。
　　
　　（三）政策法规司（简称政法司）。
　　
　　1、主要职责
　　
　　负责建立健全环境保护方面的法律、行政法规、经济政策等基本制度。拟定国家环境保护综合性方针、政策和宏观战略。拟定环境保护立法规划、计划，并组织实施。组织拟定环境保护综合性法律、行政法规及部门规章。归口管理环境保护专业性法律、行政法规、部门规章的协调、审核与报批工作。组织对全国人大、国务院法制办和国务院各部门发送我部的法律、行政法规草案提出有关环境影响方面的意见。负责环境保护法律、行政法规与部门规章的解释工作。组织环境保护行政复议、行政赔偿和应诉等工作。指导环境保护系统行政复议工作。承担司法机关有关环境犯罪刑事案件审理和有关环境保护司法解释制定的配合工作。组织拟定民事、行政、刑事案件审理涉及环境问题的相关界定标准和技术方法。指导和监督环境保护依法行政。指导全国环境保护普法工作。牵头组织推动环境友好型社会建设工作。参与制定财政、税收、贸易、信贷、证券、保险、价格、收费等领域的环境经济政策。组织拟定高污染、高环境风险产品、工艺、设备名录，以及国家环保鼓励的产品、工艺、设备名录等环境保护综合名录。组织环境政策、行政法规的后评估。指导和督促地方环境经济政策工作。归口管理国际公约的国内立法配套工作。
　　
　　2、内设机构
　　
　　根据上述职责，设4个内设机构。
　　
　　（1）综合处
　　
　　承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作。
　　
　　（2）法规处
　　
　　拟订环境保护立法规划、计划，并组织实施；组织拟订环境保护综合性法律、行政法规及部门规章，承担环境保护部门规章备案工作；归口管理环境保护专业性法律、行政法规及部门规章的协调、审核与报批工作；组织对发送我部的法律、行政法规草案提出环境影响方面的意见；承担部机关带有强制性的规范性文件合法性审核；组织环境保护法规的后评估工作；管理国际环境公约的国内立法配套工作。
　　
　　（3）环境政策处（简称政策处）
　　
　　拟订国家环境保护综合性方针、政策和宏观战略；参与制定环境经济政策；组织拟订高污染、高环境风险产品、工艺、设备名录及国家环保鼓励的产品、工艺、设备名录等环保综合名录；组织环境政策的后评估工作；指导和督促地方环境经济政策工作；组织推动环境友好型社会建设工作。
　　
　　（4）行政复议处（简称复议处）
　　
　　组织办理环境行政复议案件；组织部环境保护应诉和行政赔偿工作；承担有关环境案件审理和司法解释制定的配合工作；组织拟订案件审理涉及环境问题的相关界定标准和技术方法；承担环境保护法律、法规和规章的解释工作；指导全国环境保护普法工作；指导和监督环境保护依法行政；指导环境保护系统行政复议工作。
　　
　　（四）行政体制与人事司（简称人事司）。
　　
　　1、主要职责
　　
　　负责环境保护干部队伍、人才队伍建设和行政体制改革，完善行政体制机制，提高整体能力。承担部机关公务员和派出机构、直属单位领导干部选拔任用和监督管理工作。拟定机构编制、干部管理、劳动工资、专业技术资格与职务评聘等方面的部门规章、制度，并组织实施。负责部机关、派出机构和直属单位的机构编制、劳动工资、专业技术资格与职务评聘、驻外人员和出国留学、培训、访问学者选派等管理工作。组织全国环境保护行政表彰。承担环境保护行政管理体制改革工作。指导环境保护系统机构改革与人事管理工作。协助部党组对环境保护系统领导干部实行双重管理。协助开展地方党政领导班子环境保护政绩考核工作。归口管理环境保护系统人才队伍建设、干部培训、职（执）业资格工作和证书审核发放。
　　
　　2、内设机构
　　
　　根据上述职责，设6个内设机构。
　　
　　（1）综合处
　　
　　承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；承担部机关干部兼职管理；办理部机关和有关派出机构、直属单位人员出国政治审查。
　　
　　（2）行政体制改革处（简称体改处）
　　
　　组织开展环境保护行政管理体制改革；拟订机构编制管理规章、制度，并组织实施；承担部机关、派出机构、直属单位机构编制管理工作；指导环境保护系统机构改革工作。
　　
　　（3）干部一处
　　
　　拟订部机关（含环境应急与事故调查中心、机关服务中心）干部管理规章、制度，并组织实施；承担部机关公务员和干部管理工作；承担军转干部接收安置和干部挂职锻炼、京外调（迁）入人员审核备案、驻外人员选配等工作；承担干部档案管理。
　　
　　（4）干部二处
　　
　　拟订派出机构、直属单位干部管理规章、制度，并组织实施；承担派出机构、直属单位领导干部管理工作和中层干部备案审批；承担省级环境保护行政主管部门领导班子双重管理工作；协助开展环境保护政绩考核工作；指导派出机构、直属单位干部人事制度改革。
　　
　　（5）人力资源处（培训管理处）（简称人才处）
　　
　　拟订部机关、派出机构、直属单位的劳动工资、专业技术资格与职务评聘、社会保险等规章、制度，并监督执行；拟订环境保护人才战略和干部培训规划；承担部机关干部劳动工资管理工作；承担专业技术职（执）业资格管理和证书审核发放；组织行政表彰工作；组织京内直属单位应届毕业生接收计划审核和指标报批；承担引智和留学人员、访问学者管理工作；审核机关各部门业务培训计划；承办中组部党政领导干部培训工作，组织开展地市级局长岗位培训工作；归口管理出国培训；承担环境保护系统人员出国进修培训选派工作；指导直属单位培训工作。
　　
　　（6）干部监督处
　　
　　拟订部干部监督规章、制度并组织实施；承担干部监督工作；承担部领导批示的群众来信举报核查工作；对派出机构、直属单位组织人事工作进行监督；参加部巡视相关工作。
　　
　　（五）科技标准司（简称科技司）。
　　
　　1、职责划转
　　
　　将环境监测管理职责划出，交给环境监测司。
　　
　　2、主要职责
　　
　　负责环境保护科学技术发展、技术进步。组织拟定环境保护科技政策、规划、计划。组织环境保护重大科技攻关，组织环境保护重大技术工程示范。组织开展环境保护重大科技问题研究和新型环境问题风险评估。协调和组织实施“国家水体污染控制与治理”等国家科技重大专项工作。管理环境保护科技成果。指导直属单位的科技工作。负责环境保护科技体制改革。组织建立部级重点实验室和工程技术中心。组织拟定并发布各类国家环境基准、环境保护标准、技术规范和污染防治技术政策。负责地方环境保护标准备案工作。推动国家环境技术管理体系建设。管理环境标志认证工作。建立环境保护设施运营单位资质认可制度。指导和推动循环经济、清洁生产与环保产业发展、绿色消费和政府绿色采购等相关工作。参与应对气候变化组织协调工作。组织管理环境与人体健康有关工作。负责国家环境咨询委员会、部科学技术委员会日常工作。
　　
　　3、内设机构
　　
　　根据上述职责，设5个内设机构。
　　
　　（1）综合处
　　
　　承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；承担国家环境咨询委员会和部科学技术委员会日常工作。
　　
　　（2）环境科技发展处（简称科技处）
　　
　　拟订国家环境保护科技发展政策、规划与计划；管理环境保护科研项目和科技成果；指导直属单位科技工作；承担环境保护科技体制改革工作；拟订和组织实施部级重点实验室建设规划；承担国际科技合作项目选题与立项并指导实施；承担部牵头的国家科技重大专项联络和组织管理工作。
　　
　　（3）环境标准管理处（简称标准处）
　　
　　拟订并组织实施国家环境保护标准规划、计划、管理办法；管理环境保护标准拟订工作；承担地方环境保护标准备案工作；指导地方提前实施国家机动车船污染物排放标准的审查、协调工作；归口世贸组织技术贸易措施通报及世界车辆法规协调论坛和国际标准化组织有关专业委员会联系工作，承担国内有关环境标准专业委员会和标准技术支持单位管理、指导和协调工作。
　　
　　（4）环境技术指导处（简称技术处）
　　
　　推动国家环境保护技术管理体系建设；拟订并组织实施部级工程技术中心建设规划；管理环境标志认证工作；建立环境保护设施运营单位资质认可制度；承担环境保护重大技术工程示范工作；指导和推动循环经济、清洁生产和环保产业发展、绿色消费和政府绿色采购等工作。
　　
　　（5）环境健康管理处（气候变化应对处）（简称环境健康处）
　　
　　拟订环境与人体健康规划、法规、规章、制度、标准；组织开展环境与人体健康问题相关工作；承担应对气候变化组织协调工作；协调和联系国家气候办及其他相关部门。
　　
　　（六）污染物排放总量控制司（简称总量司）。
　　
　　1、职责划转
　　
　　（1）将原规划与财务司有关总量控制、环境统计职责划入总量司。
　　
　　（2）将原污染控制司有关总量控制、排污许可证和排污权交易职责划入总量司。
　　
　　2、主要职责
　　
　　承担落实国家减排目标的责任。拟订主要污染物排放总量控制、排污许可证和环境统计政策、行政法规、部门规章、制度和规范，并监督实施。组织测算并确定重点区域、流域、海域的环境容量。组织编制总量控制计划。提出实施总量控制的污染物名称、总量控制的数量及对各省（自治区、直辖市）和重点企业的控制指标。监督管理纳入国家总量控制的主要污染物减排工作。负责污染减排工程运行监督工作。建立和组织实施总量减排责任制考核制度。负责审核涉及增加主要污染物排放总量新上项目的总量指标。负责核准节能减排财政和价格补贴。负责环境统计和污染源普查工作。组织编制并发布环境统计年报和统计报告。组织开展排污权交易工作。
　　
　　3、内设机构
　　
　　根据上述职责，设4个内设机构。
　　
　　（1）综合处
　　
　　承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；组织拟订并监督实施总量减排责任制考核制度、排污许可证制度；建立重点污染源台帐；组织开展总量减排核查工作。
　　
　　（2）水污染物总量控制处（简称水总量处）
　　
　　拟订水污染物排放总量控制制度、规范并监督实施；组织编制主要水污染物总量控制计划及年度减排方案，并监督实施；组织核定主要水污染物排放总量减排情况；审核新增水污染物排放项目总量指标；负责水污染减排工程运行监督工作。
　　
　　（3）大气污染物总量控制处（简称大气总量处）
　　
　　拟订大气污染物排放总量控制制度、规范并监督实施；组织编制主要大气污染物总量控制计划和年度减排方案，并监督实施；组织核定大气污染物总量减排情况；审核新增大气污染物排放项目总量指标；负责大气污染减排工程运行监督工作。
　　
　　（4）统计处
　　
　　拟订环境统计管理制度；组织编制环境统计规划与计划，并监督实施；承担污染源普查工作；承担环境统计工作；组织编制并发布环境统计年报和统计报告。
　　
　　（七）环境影响评价司（简称环评司）。
　　
　　1、职责划转
　　
　　将输变电设施和线路等涉核与辐射项目的环境影响评价职责划出，交给核安全管理司。
　　
　　2、主要职责
　　
　　负责从源头上预防、控制环境污染和生态破坏。拟订环境影响评价政策、法律、行政法规、部门规章并组织实施。拟定环境影响评价分类管理名录和分级审批规定。负责对重大发展规划以及重大经济开发计划和重要产业、重点区域进行环境影响评价。按国家规定审查重大开发建设区域规划、行业规划环境影响评价。负责审批涉核与辐射以外建设项目的环境影响评价文件。负责审批海岸工程建设项目环境影响评价文件，并负责海洋工程建设项目环境影响评价文件备案。负责国家审批的建设项目竣工环境保护验收。负责环境影响评价机构资质管理。汇总提出区域限批、流域限批和行业限批建议并组织实施。负责环境影响后评价工作。组织开展建设项目施工期的环境监理工作。
　　
　　3、内设机构
　　
　　根据上述职责，设6个内设机构。
　　
　　（1）综合处
　　
　　承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；拟订建设项目环境影响评价资质管理政策、法规，并组织实施；承担建设项目环境影响评价机构资质管理工作；承担涉核与辐射项目以外属于行政许可的环境影响评价文件的受理和审批督办工作。
　　
　　（2）规划环境影响评价处（简称规划环评处）
　　
　　拟订规划环境影响评价政策、法规、规章、规范和技术导则并组织实施；组织和指导规划环境影响评价工作；组织对国家重大发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价；按国家规定审查重大开发建设区域规划、行业规划的环境影响评价文件；指导和协调地方开发区规划环境影响评价的审查工作。
　　
　　（3）建设项目环境影响评价一处（简称项目环评一处）
　　
　　拟订火电、电网、冶金、有色、机械等建设项目环境影响评价政策、法规、规章、规范和技术导则并组织实施，组织相关行业建设项目环境影响评价审核工作。拟订并组织实施建设项目环境影响评价分级审批规定。组织和指导东北、华北地区设区的市级以上专项规划的环境影响评价工作。
　　
　　（4）建设项目环境影响评价二处（简称项目环评二处）
　　
　　拟订化工、石化、轻工、医药等建设项目环境影响评价政策、法规、规章、规范和技术导则并组织实施，组织相关行业建设项目环境影响评价审核工作，承担海洋工程建设项目环境影响评价文件备案。拟订建设项目环境影响评价分类管理名录。组织和指导华东、华南地区设区的市级以上专项规划的环境影响评价工作。
　　
　　（5）建设项目环境影响评价三处（简称项目环评三处）
　　
　　拟订交通、煤炭、石油、天然气、水电等资源开发类建设项目环境影响评价政策、法规、规章、规范和技术导则并组织实施，组织相关行业建设项目环境影响评价审核工作。组织和指导西南、西北地区设区的市级以上专项规划的环境影响评价工作。
　　
　　（6）建设项目环境保护验收管理处（简称验收处）
　　
　　拟订建设项目竣工环境保护验收政策、法规、规章并组织实施；组织和协调国家审批的建设项目竣工环境保护验收，并指导地方相关工作；组织实施环境影响后评价和建设项目施工期环境监理工作。
　　
　　（八）环境监测司（简称监测司）。
　　
　　1、职责划转
　　
　　（1）将原规划与财务司组织编制和发布中国环境状况公报职责划入监测司。
　　
　　（2）将科技司环境监测管理职责划入监测司。
　　
　　（3）将环境监测总站承担的监测行政管理职责划入监测司。
　　
　　2、主要职责
　　
　　负责环境监测管理和环境质量、生态状况等环境信息发布。拟订环境监测的政策、规划、行政法规、部门规章、制度、标准并组织实施。建立环境监测质量管理制度并组织实施。组织拟订环境监测分析方法和技术规范。参与建设并组织管理国家环境监测网。组织实施环境质量监测、污染源监督性监测、环境应急和预警监测。组织对环境质量状况进行调查评估、预测预警。协调指导其他部门开展环境监测工作。负责建立和实行环境质量公告制度。组织编报国家环境质量报告书，组织编制和发布中国环境状况公报。指导全国环境监测队伍建设和业务工作。
　　
　　3、内设机构
　　
　　根据上述职责，设4个内设机构。
　　
　　（1）综合处
　　
　　承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；拟订环境监测的法规、规章、制度、环境监测发展规划和工作计划；组织编制和发布中国环境状况公报；参与建设国家环境监测网；协调指导其他部门开展环境监测工作。
　　
　　（2）环境质量监测处
　　
　　组织管理国家环境监测网；组织实施全国环境质量监测和环保专项调查监测；建立和实行环境质量公告制度；发布环境质量、生态状况等环境信息；编报国家环境质量报告书。
　　
　　（3）污染源监测处
　　
　　建立污染源监测管理制度并组织实施；组织实施污染源监督性监测、环境应急和预警监测；承担有关污染物总量减排的监测管理。
　　
　　（4）监测质量管理处
　　
　　建立环境监测质量管理制度并组织实施；组织拟订环境监测分析方法和技术规范；指导全国环境监测队伍建设和业务工作。
　　
　　（九）污染防治司（简称污防司）。
　　
　　1、职责划转
　　
　　（1）将有关总量控制、排污许可证和排污权交易职责划出，交给总量司。
　　
　　（2）将限期治理职责划出，交给环境监察局。
　　
　　2、主要职责
　　
　　负责环境污染防治的监督管理和环境形势分析研究。拟订水体、大气、城区土地、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染防治政策、规划、法律、行政法规、部门规章、标准和规范，并组织实施。组织开展全国环境形势综合分析。拟定水、大气、噪声与海洋等专项环境功能区划。拟定重要饮用水水源地、国家重点区域、流域、海域、地下水污染防治规划并监督实施。建立和组织实施跨省（国）界水体断面水质考核制度。监督管理饮用水水源地环境保护工作。组织指导城镇环境综合整治工作，负责组织实施全国城市环境综合整治定量考核制度。负责新定型车辆发动机和车辆的环保型式核准，建立在用车以及油品监督管理制度。指导、协调和监督海洋环境保护工作。监督管理海岸工程、陆源污染、拆船等海洋环境污染防治工作。组织实施危险废物经营许可证、可用作原料的固体废物进口许可、危险废物出口核准、有毒化学品进出口登记、新化学物质环境管理登记、审批及监督管理。组织危险废物、医疗废物及电子等工业产品废物申报登记。负责企业上市和上市企业再融资的环境保护核查工作。组织开展清洁生产强制性审核。参与拟定国家限制和淘汰的生产能力、工艺和产品名录，拟订重点行业国家产业政策等，提出产业市场准入的污染防治指标体系。监督管理城区土地污染防治工作。负责有关国际环境公约的国内履约工作。
　　
　　3、内设机构
　　
　　根据上述职责，设7个内设机构。
　　
　　（1）综合处
　　
　　承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；组织企业上市和上市企业再融资的环境保护核查、清洁生产强制审核工作；参与拟订国家限制和淘汰的生产能力、工艺和产品名录及有关国家产业政策；承担城市环境综合整治工作。
　　
　　（2）饮用水水源地环境保护处（简称饮用水处）
　　
　　拟订水环境管理及饮用水水源地环境保护的政策、规划、法律、法规、规章、标准、规范及水环境功能区划并监督实施；组织拟订饮用水、地下水、太湖、巢湖、滇池水污染防治规划并监督实施；承担饮用水水源地环境保护与湖泊污染防治工作；组织开展全国水环境形势综合分析；承担水污染防治其他综合性工作。
　　
　　（3）大气与噪声污染防治处（简称大气处）
　　
　　拟订大气、噪声、光、恶臭、机动车污染防治的政策、规划、法律、法规、规章、标准、规范，并监督实施；拟订城市大气、噪声环境功能区划工作；承担大气、光、恶臭、噪声、机动车污染防治和相关环境功能区划等工作；组织开展全国大气环境形势综合分析。
　　
　　（4）重点流域水污染防治处（简称流域处）
　　
　　组织拟订淮河、海河、辽河、松花江、长江（含三峡库区及其上游）、黄河中上游、珠江、南水北调工程沿线和跨国界河流的水污染防治规划，并监督实施；建立跨省（国）界河流水质考核评估制度，并组织实施；审查重点城市的水污染防治规划，并指导实施；指导全国河流水污染防治工作。
　　
　　（5）海洋污染防治处（简称海洋处）
　　
　　指导、协调和监督海洋环境保护工作；拟订国家海洋环境保护的政策、规划、法律、法规、规章、标准和规范；拟订国家重点海域污染防治规划并监督实施；编制近岸海域环境功能区划；监督海岸工程和滨海重污染行业海洋污染防治；组织开展全国海洋环境形势综合分析。
　　
　　（6）固体废物管理处（简称固体处）
　　
　　拟订固体废物、危险废物、进口废物管理及城区土地污染防治的政策、规划、法律、法规、规章、标准、规范、目录并监督实施；组织拟订危险废物管理制度并监督实施；组织开展危险废物申报登记；承担固体废物进口许可、出口核准、信息公开工作，监督电子废物、污泥等再生资源回收利用污染防治。
　　
　　（7）化学品环境管理处（简称化学品处）
　　
　　拟订化学品环境管理的规划、政策、法律、法规、规章、标准、规范、目录并监督实施；组织化学品环境风险评价追踪；筛选和公布重点控制的化学品目录；承担化学品进出口、新化学物质登记；组织日遗化武处理全过程环境监督管理。
　　
　　（十）自然生态保护司（生物多样性保护办公室，国家生物安全管理办公室）（简称生态司）。
　　
　　1、主要职责
　　
　　负责指导、协调、监督生态保护工作。拟订生态保护和农村土壤污染防治政策、规划、法律、行政法规、部门规章、标准。协调并监督相关部门开展生态保护工作。组织编制国家级自然保护区建设规划，并提出新建和调整的各类国家级自然保护区审批建议。指导、协调、监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园环境保护工作。组织开展全国生态状况评估。监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治和珍稀濒危物种进出口管理工作。牵头负责生物多样性保护、生物物种资源（含生物遗传资源）和生物安全管理工作。负责有关国际环境公约的国内履约工作。组织协调农村环境保护工作，组织指导农村环境综合整治工作，指导生态示范建设与生态农业建设。监督管理农村土壤污染防治工作。承担国家生物安全管理办公室工作。
　　
　　2、内设机构
　　
　　根据上述职责，设5个内设机构。
　　
　　（1）综合处
　　
　　承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；拟订生态保护规划、法规、规章，并监督执行；拟订生态补偿政策，并组织实施；指导生态示范建设。
　　
　　（2）农村环境保护处（农村土壤污染防治处）（简称农村处）
　　
　　拟订农村生态环境保护和农村土壤（包括耕地、山地、林地、湿地、矿区等）污染防治政策、规划、法规、标准、规范及土壤环境功能区划，并监督实施；组织指导农村环境综合整治工作；监督、指导农村土壤污染防治工作；监督、协调有机食品发展工作；指导全国生态农业建设。
　　
　　（3）生态功能保护处（简称生态功能处）
　　
　　拟订生态功能区划、生态功能保护区和生态脆弱区建设与管理的政策、规划、法规、标准，并监督执行；开展全国生态状况评估；协调和监督湿地环境保护、荒漠化防治工作；监督自然资源开发利用活动中生态环境保护工作；参与监督指导旅游生态环境保护工作。
　　
　　（4）自然保护区管理处（简称保护区处）
　　
　　拟订自然保护区建设和管理的政策、规划、法规、标准，并监督执行；组织新建和调整各类国家级自然保护区的评审工作；指导、协调、监督检查各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；组织推动国家公园建设。
　　
　　（5）生物多样性保护处（生物安全管理处）（简称生物处）
　　
　　拟订生物多样性保护、生物物种资源和生物安全管理的政策、规划、法规、标准，并监督执行；承担全国转基因生物、外来入侵物种、微生物环境安全、生物环保新技术管理；承担有关国际环境公约的国内履约工作；承担国家生物安全管理办公室日常工作。
　　
　　（十一）核安全管理司（辐射安全管理司）（简称核安全司）。
　　
　　1、职责划转
　　
　　将原环境影响评价管理司输变电设施和线路等涉核与辐射项目的环境影响评价职责划入核安全司。
　　
　　2、主要职责
　　
　　负责核安全和辐射安全的监督管理。拟定核安全、辐射安全、电磁辐射、辐射环境保护、核与辐射事故应急有关的政策、规划、法律、行政法规、部门规章、制度、标准和规范，并组织实施。负责核设施核安全、辐射安全及辐射环境保护工作的统一监督管理。负责核安全设备的许可、设计、制造、安装和无损检验活动的监督管理，负责进口核安全设备的安全检验。负责核材料管制与实物保护的监督管理。负责核技术利用项目、铀（钍）矿和伴生放射性矿的辐射安全和辐射环境保护工作的监督管理。负责辐射防护工作。负责放射性废物处理、处置的安全和辐射环境保护工作的监督管理。负责放射性污染防治的监督检查。负责放射性物品运输安全的监督管理。负责输变电设施及线路、信号台站等电磁辐射装置和电磁辐射环境的监督管理。负责部核与辐射应急响应和调查处理。参与核与辐射恐怖事件的防范与处置工作。负责反应堆操纵人员、核设备特种工艺人员等人员资质管理。组织开展辐射环境监测和核设施、重点辐射源的监督性监测。负责核与辐射安全相关国际公约的国内履约。指导核与辐射安全监督站相关业务工作。
　　
　　3、内设机构
　　
　　根据上述职责，设12个内设机构。
　　
　　（1）综合处
　　
　　承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结、科研等综合性事务和综合协调工作；拟订核与辐射安全政策、规划、法律、法规、规章、标准；指导核与辐射安全监督站相关业务工作。
　　
　　（2）核电一处
　　
　　承担核电厂运行许可证申请文件的审查报批；承担运行核电厂核与辐射安全监督管理工作。
　　
　　（3）核电二处
　　
　　承担改进型反应堆核电厂的选址、建造、试运行阶段的核与辐射安全监督管理工作。
　　
　　（4）核电三处
　　
　　承担新型反应堆核电厂的选址、建造、试运行阶段的核与辐射安全监督管理工作。
　　
　　（5）核反应堆处 
　　
　　承担商用核电厂以外的其它核反应堆和临界装置的核与辐射安全监督管理工作。
　　
　　（6）核燃料与运输处（简称核燃料处）
　　
　　承担铀转化、浓缩、元件制造、贮存、后处理等核燃料循环设施的核与辐射安全监督管理工作；承担放射性物品运输的核与辐射安全监督管理工作；承担核材料管制和实物保护的监督管理工作。
　　
　　（7）放射性废物管理处（简称放废处）
　　
　　承担放射性废物处理、贮存、处置设施以及核设施退役的核与辐射安全监督管理工作。
　　
　　（8）核安全设备处
　　
　　承担核安全设备活动的安全许可；承担核安全设备的设计、制造、安装和无损检验活动的监督管理工作；承担进口核安全设备的安全检验。
　　
　　（9）核技术利用处（简称核技术处）
　　
　　承担放射源生产设施、I类放射源、I类射线装置销售和使用等核技术利用项目以及城市放射性废物库的辐射安全监督管理工作。
　　
　　（10）电磁辐射与矿冶处（简称电磁矿冶处）
　　
　　承担输变电设施及线路、信号台站等电磁辐射装置和电磁辐射环境的监督管理工作；承担铀（钍）矿、伴生放射性矿产资源开发利用的辐射安全监督管理工作。
　　
　　（11）辐射监测与应急处（核与辐射事故应急办公室）（简称监测应急处）
　　
　　承担国家辐射环境监测体系建设；组织开展辐射环境质量监测和核设施、重点辐射源的监督性监测；承担核与辐射事故应急管理和辐射防护工作；参与核与辐射恐怖事件的防范与处置。
　　
　　（12）核安全人员资质管理处（简称人员资质处）
　　
　　承担注册核安全工程师、核反应堆操纵员/高级操纵员、焊工和焊接操作工、无损检验人员等核安全特种人员的资质管理和培训；承担核安全系统人员业务培训。
　　
　　（十二）环境监察局（简称环监局）。
　　
　　1、职责划转
　　
　　将原污染控制司限期治理职责划入环监局。
　　
　　2、主要职责
　　
　　负责重大环境问题的统筹协调和监督执法检查。拟订环境监察行政法规、部门规章、制度，并组织实施。监督环境保护方针、政策、规划、法律、行政法规、部门规章、标准的执行。拟定排污申报登记、排污收费、限期治理等环境管理制度，并组织实施。负责环境执法后督察和挂牌督办工作。指导和协调解决各地方、各部门以及跨地区、跨流域的重大环境问题和环境污染纠纷。组织开展全国环境保护执法检查活动。组织开展生态环境监察工作。组织开展环境执法稽查和排污收费稽查。组织国家审批的建设项目“三同时”监督检查工作。建立企业环境监督员制度，并组织实施。负责环境保护行政处罚工作。指导全国环境监察队伍建设和业务工作。指导环境应急与事故调查中心和各环境保护督查中心环境监察执法相关业务工作。
　　
　　3、内设机构
　　
　　根据上述职责，设5个内设机构。
　　
　　（1）办公室
　　
　　承担局内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；组织拟订环境监察与稽查的政策、法规和规章；指导全国环境监察机构的队伍建设；组织“三同时”监督检查工作；建立企业环境监督员制度。
　　
　　（2）排污收费管理处（简称排收管理处）
　　
　　拟订排污申报登记、排污收费的政策、法规、规章、制度，并组织实施；建立和管理全国重点污染源数据系统。
　　
　　（3）监察稽查处（简称稽查处）
　　
　　监督国家环境保护规划的执行；督办重大环境污染违法案件；组织全国环境保护执法检查活动和环境执法稽查；指导环境保护系统环境执法工作；组织实施挂牌督办、限期治理、后督察工作。
　　
　　（4）区域监察处（简称区域处）
　　
　　组织开展生态环境监察工作和农村环境执法工作；督办重大生态破坏案件；协调解决跨省区域流域环境问题和环境污染纠纷；指导环境保护督查中心环境监察执法相关业务工作。
　　
　　（5）行政执法处罚处（简称处罚处）
　　
　　组织实施环境行政处罚工作；承担环境违法案件的审查、处理和处罚，并监督行政处罚的执行；组织行政处罚听证工作。
　　
　　（十三）国际合作司（简称国际司）。
　　
　　1、主要职责
　　
　　负责归口管理环境保护领域的国际合作与交流和统一对外联系，维护我国环境权益。研究提出国际环境合作中有关问题的建议，拟订有关政策、部门规章、制度，并监督执行。拟定环境保护国际合作与交流、履行国际环境公约等外事经费计划，并组织实施。负责国际环境公约履约的对外联系工作，组织国际环境公约的对外谈判。组织和协调政府间双边、多边等环境保护合作。负责合作文件谈判和实施中的对外联系。组织参加有关环境保护的国际会议和其他活动。组织政府间环境合作计划、合作协议、备忘录等文件的谈判。组织实施外国政府、国际组织等对华和我国对外环境合作援助项目。负责部系统内人员因公出国（境）的审批。负责国（境）外来华参加环境合作与交流人员的审核。负责联系联合国和其他国际组织以及外国政府、国际组织驻华机构涉及环境合作的事务。管理环境保护国际非政府组织的合作与交流。指导我驻外环境机构的工作。负责在国内召开的环境保护国际会议的审批。负责处理涉外的环境保护事务。处理涉及港、澳、台的环境保护事务。承担核与辐射安全国际合作事务和负责联系国际原子能机构等国际核能组织。
　　
　　2、内设机构
　　
　　根据上述职责，设6个内设机构。
　　
　　（1）综合处
　　
　　承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；承担部外事管理工作；处理世界贸易组织环境与贸易等事务；处理涉及港、澳、台的环境保护事务。
　　
　　（2）国际组织和公约处（简称国际处）
　　
　　承担与联合国环境署及联合国系统其他国际组织的联系与合作；承担部牵头的国际环境公约的对外谈判；组织参与其他国际公约、国际会议中涉及环境问题的谈判；指导我常驻联合国环境署代表处工作；承担与环境保护国际非政府组织的合作与交流管理工作。
　　
　　（3）亚洲处
　　
　　组织与亚洲地区国家和地区组织的环境合作与交流；承担本地区内双边、多边环境保护机制下的合作；拟订与本地区国家和地区机构的环境合作计划；承担相关环境合作协议、备忘录的谈判和签署；承担与本地区内非联合国系统国际组织的联系与环境合作。
　　
　　（4）欧洲处
　　
　　组织与欧洲、中亚地区国家和地区组织的环境合作与交流；承担本地区内双边、多边环境保护机制下的合作；拟订与本地区国家和地区机构的环境合作计划；承担相关环境合作协议、备忘录的谈判和签署；承担与本地区内非联合国系统国际组织的联系与环境合作。
　　
　　（5）美洲大洋洲处（西亚非洲处）（简称美大处）
　　
　　组织与美洲、大洋洲、西亚、非洲地区国家和地区组织的环境合作与交流；承担本地区内双边、多边环境保护机制下的合作；拟订与本地区国家和地区机构的环境合作计划；承担相关环境合作协议、备忘录的谈判和签署；承担与本地区内非联合国系统国际组织的联系与环境合作。
　　
　　（6）核安全国际合作处（简称核国际处）
　　
　　承担核与辐射安全领域的国际合作与交流；承担与国际原子能机构等国际核能组织的联系与合作；承担国际核与辐射安全公约的对外谈判；组织与相关国家和地区的双边、多边核与辐射安全合作与交流；承担相关核与辐射安全合作协议、备忘录的谈判和签署。
　　
　　（十四）宣传教育司（简称宣教司）。
　　
　　1、主要职责
　　
　　负责组织、指导和协调全国环境保护宣传教育工作，促进生态文明建设。拟订环境保护宣传教育政策、规划、行政法规、纲要，并组织实施。负责组织环境保护重大新闻发布，协调重要环境新闻的采访报道。审核重大活动的新闻稿件。协调中央有关部门开展环境宣传教育工作。负责管理部属报刊、图书出版工作。组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作。归口管理社会公众参与方面的环保业务培训，推动社会公众和社会组织参与环境保护。承担环境保护社会表彰工作和国际环境奖项推选。收集、分析环境舆情动态，及时向部领导报送相关信息。
　　
　　2、内设机构
　　
　　根据上述职责，设3个内设机构。
　　
　　（1）综合处
　　
　　承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；指导部属报刊、图书出版工作。
　　
　　（2）新闻处
　　
　　组织环境保护重大新闻发布；协调重要环境新闻的采访报道；审核并发布重大活动的新闻稿件；收集、分析环境舆情动态，及时向部领导报送相关信息。
　　
　　（3）宣传教育处
　　
　　组织、协调全国环境保护宣传教育工作；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；归口管理社会公众参与方面的环保业务培训；推动社会公众和社会组织参与环境保护；承担环境保护社会表彰工作和国际环境奖项推选。
　　
　　直属机关党委。
　　
　　1、主要职责
　　
　　负责部机关党的工作，领导在京派出机构、直属单位党的工作，建设和谐机关。负责党的思想、组织、制度和作风建设。负责维护政治安全稳定工作。协助部党组做好民主生活会和中心组理论学习的服务工作。负责部系统党风廉政建设和惩防体系建设，领导在京派出机构、直属单位开展党风廉政教育工作，协助指导全国环境保护系统相关工作，承担部党风廉政建设领导小组日常工作。受理对所属党组织、党员违反党纪行为的检举、控告和申诉。检查和处理部机关、在京派出机构、直属单位党组织和党员违反党纪的案件。领导部机关和在京派出机构、直属单位的工会、共青团、妇工委和青年等群众组织的工作。承担环境保护系统精神文明建设指导委员会日常工作，指导环境保护系统精神文明建设。负责统一战线工作。完成部党组和上级党组织下达的各项任务。
　　
　　2、内设机构
　　
　　根据上述职责，设3个内设机构。
　　
　　（1）办公室（宣传处）
　　
　　承担直属机关党委内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、党务公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；承担维护政治稳定工作；宣传党的路线方针政策，组织开展基层党组织和党员的思想政治教育和理论学习；协助党组理论学习中心组学习；承担环境保护系统精神文明建设指导委员会日常工作。
　　
　　（2）组织纪检处
　　
　　承担基层党的组织建设；组织发展党员、党员（党校）培训和评选表彰工作；指导基层党组织民主生活会工作；承办部党组民主生活会有关工作；承担基层党组织的党风廉政建设和反腐败工作；承担部党风廉政建设领导小组日常工作。
　　
　　（3）统战群团处
　　
　　承担直属机关工会、妇工委、共青团（青年）及部机关工、青、妇组织工作；承担国务院妇女儿童工作委员会及全国五好文明家庭创建活动协调小组联络员工作；承担直属机关统一战线工作。