环保部门在核发许可证之前应结合管理要求和政府部门掌握的情况，对申请材料进行认真审核。审核主要包括以下几个方面：一是申请排污许可证的企事业单位的生产工艺和产品不属于国家或地方政府明确规定予以淘汰或取缔的；二是申请的企业不应位于饮用水水源保护区等法律法规明确规定禁止建设区域内；三是有符合国家或地方要求的污染防治设施或污染物处理能力；四是申请的排放浓度符合国家或地方规定的相关标准和要求，排放量符合相关要求，对新改扩建项目的排污单位，还应满足环境影响评价文件及其批复的相关要求；五是排污口设置符合国家或地方的要求等。

企业提交的排污许可申请材料和守法承诺书是环保部门核发排污许可证的主要依据，《实施方案》明确提出企业应对申请材料的真实性、合法性、完整性负法律责任。环保部门对于申请材料完整、符合要求的企业，直接依法核发许可证。此外，核发的排污许可证是企业排放污染物的“天花板”，是企业守法的最基本要求，满足这些要求是企业基本的法定义务，这也是排污许可证作为企业守法、政府执法、公众监督依据的由来。换言之，对于应当承担的环保责任完全相同的两个企业，不论实际排放情况如何，排污许可证核定的排放量和管理要求将会是一致的。《方案》同时还规定了，对于申请材料存在疑问、企业环境信用不好、有环境举报投诉等情况的，环保部门可开展现场核查。